Để chống ngập cao tốc Phan Thiết – Dầu Giây, Ban quản lý dự án Thăng Long có kế hoạch tiến hành thanh thải, khơi đào lòng sông Phan để khơi thông dòng chảy. Huyện Hàm Thuận Nam, tỉnh Bình Thuận địa phương có tuyến sông chảy qua đồng ý với phương án trên, tuy nhiên yêu cầu không được tác động làm sạt lở hai bên bờ sông gây ảnh hưởng đến đất sản xuất nông nghiệp của người dân.
Ủy ban nhân dân huyện Hàm Thuận Nam yêu cầu chủ đầu tư trong quá trình triển khai thực hiện thanh thải, nạo vét lòng sông Phan không được tác động làm sạt lở hai bên sông gây ảnh hưởng đến đất sản xuất nông nghiệp của người dân; phải liên hệ địa phương để bố trí bãi đổ thải khi khơi đào các cù lao giữa sông. Trong quá trình thanh thải có những cây là cây lấy gỗ thì phải thực hiện theo Luật Lâm nghiệp.
Trước đó, tại Km25+419 cao tốc Phan Thiết - Dầu Giây đã xảy ra tình trạng ngập nước, khiến các phương tiện không thể lưu thông 2 chiều, gây ùn tắc giao thông kéo dài. Bộ Giao thông Vận tải đã yêu cầu các đơn vị liên quan nhanh chóng có giải pháp xử lý vấn đề này.
