Bệnh viện Lê Văn Thịnh là một trong những bệnh viện đầu tiên tại TPHCM được giao tự chủ tài chính, bắt đầu từ năm 2016. Sau 6 năm, phần nào đã tạo sự chủ động trong công tác khám chữa bệnh, phát triển cơ sở, đầu tư trang thiết bị. Tuy nhiên, những điểm nghẽn về chính sách khiến bệnh viện gặp nhiều khó khăn khi hoạt động: kinh phí thiếu, càng làm càng thâm hụt.
Một trong những khó khăn hiện nay của Bệnh viện Lê Văn Thịnh khi thực hiện tự chủ tài chính là việc cơ cấu giá khám chữa bệnh chưa được tính đúng, tính đủ. Hiện cơ cấu giá chỉ mới tính được 4/7 thực tế chi phí bệnh viện phải chi trả. Ba phần còn lại chưa được tính vào giá khám chữa bệnh gồm : chi phí nhân sự gián tiếp; khấu hao thiết bị máy móc; chi phí đào tại, nghiên cứu, bảo dưỡng cơ sở hạ tầng. Mặt khác, hiện nay yêu cầu số hoá trong công tác khám chữa bệnh và truyền tải, lưu trữ dữ liệu và giảm ô nhiễm môi trường đòi hỏi bệnh viện phải đầu tư… Các hạng mục này đều chưa được tính vào cơ cấu giá dịch vụ khám chữa bệnh.
Tại buổi khảo sát của Đoàn ĐBQH TPHCM về vấn đề này, lãnh đạo bệnh viện kiến nghị được sớm tháo gỡ các vướng mắc trên.
Một điểm khó khác của bệnh viện là vấn đề thanh toán BHYT. Hiện, BHYT chỉ cấp kinh phí tạm ứng hàng quý cho bệnh viện là 80% chi phí khám chữa bệnh dựa vào quý trước, là không đủ. 20% còn lại phải chờ quyết toán sau 3 tháng. Đồng thời, phần vượt dự toán thì phải sang năm sau mới được thẩm tra giải quyết.
Nhiều khó khăn khi thực hiện tự chủ, bệnh viện cũng cạn kiệt nguồn chi thu nhập tăng thêm cho công chức, viên chức. Nguồn cải cách tiền lương từ các năm trước của bệnh viện Lê Văn Thịnh đã không còn, từ năm 2018 đến nay, đơn vị tự quyết và cũng đã dùng hết các khoản này.
