Mặc dù đã có Quỹ Phát triển Khoa học công nghệ nhưng việc chưa sử dụng hiệu quả cũng đã khiến cho lĩnh vực này tại Việt Nam vẫn chưa gặt hái được những thành công lớn mang tính toàn cầu. Trong khi, nhân lực tài của Việt Nam cũng không hề thiếu. Một số ý kiến đề xuất các giải pháp nhằm tiếp tục hoàn thiện cơ chế, chính sách để giải phóng tối đa nguồn lực này.
Quỹ phát triển khoa học công nghệ nhằm tạo điều kiện cho doanh nghiệp thúc đẩy nghiên cứu, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, qua đó nâng cao sức cạnh tranh và đóng góp nhiều hơn cho phát triển đất nước. Tuy nhiên, thời gian qua, một số văn bản hướng dẫn về trích lập và sử dụng Quỹ đã được ban hành song còn nhiều điểm bất cập, dẫn đến tỷ lệ trích lập Quỹ rất thấp và việc sử dụng Quỹ gặp nhiều vướng mắc, không đạt được hiệu quả như mong đợi. Số doanh nghiệp trích Quỹ vẫn thấp, chỉ chiếm 0,02% tổng số doanh nghiệp và tỷ lệ giải ngân cũng chưa đạt 40%.
Trong khi tổng số quỹ trích từ doanh nghiệp đã rất nhỏ, thì hiện nay việc tồn quỹ lên đến 22.000 tỷ, chứng tỏ việc sử dụng quỹ cũng có rất nhiều bất cập. Để tháo gỡ tình trạng trên, theo các đại biểu cần bổ sung hướng dẫn cụ thể về nội dung và thủ tục thuế, hạch toán kế toán. Tạo cơ chế khuyến khích tái đầu tư từ các khoản thu nhập phát sinh do hoạt động đầu tư từ Quỹ..cùng với đó cần phải hoàn thiện quy định chi tiêu phù hợp với từng ngành, lĩnh vực.
Ngoài ra cần điều chỉnh quy định và hướng dẫn nộp Quỹ phát triển KH&CN và Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia: Cùng với đó, hướng dẫn việc hạch toán số tiền nộp về Quỹ Phát triển KH&CN Quốc gia (Nafosted) theo quy định hiện hành.
